C'est l'une de ces anomalies que l'histoire produit en série et que plus personne ne remarque : pendant près de trois siècles, l'évêque de Genève n'a pas résidé à Genève. Il siégeait à Annecy.
L'explication tient à la Réforme. Dans les années 1530, Genève bascule dans le camp protestant et devient bientôt la ville de Calvin. L'évêque Pierre de La Baume avait déjà pris ses distances ; il revient le 1er juillet 1533 et repart définitivement deux semaines plus tard. Le diocèse existe toujours, mais il a perdu sa cathédrale et sa ville.
Le repli s'organise vers le sud. Dès 1535-1536, le chapitre des chanoines s'installe progressivement à Annecy, et le mouvement est achevé en 1539 au plus tard. Le choix n'a rien d'arbitraire : Annecy est déjà le siège du comté de Genève, elle se trouve en terre savoyarde, donc catholique, et elle est assez proche pour que la fiction d'un diocèse genevois reste tenable.
Il faudra pourtant attendre 1568 et la nomination d'Ange Justiniani pour qu'un évêque s'établisse réellement à Annecy et y transfère définitivement le siège épiscopal. Entre le départ de La Baume et cette installation, il s'écoule trente-cinq ans d'un diocèse largement en exil.
La conséquence pour Annecy est considérable. La petite ville savoyarde devient un centre de la Contre-Réforme, avec des institutions religieuses, des ordres, un clergé nombreux et une production intellectuelle sans commune mesure avec sa taille. La figure qui incarne ce moment est François de Sales, évêque de Genève résidant à Annecy de 1602 à sa mort en 1622. Avec Jeanne de Chantal, il y fonde en 1610 l'ordre de la Visitation, qui essaimera dans toute l'Europe.
François de Sales laissera une empreinte durable, et pas seulement locale. Canonisé en 1665, il est proclamé docteur de l'Église en 1877. Et en 1923, Pie XI en fait le saint patron des journalistes et des écrivains — au motif qu'il avait diffusé ses idées par des tracts imprimés qu'il glissait sous les portes, dans une région où la prédication publique lui était fermée. Le premier communicant de la Contre-Réforme était annécien.
Le saviez-vous ? Le diocèse a longtemps continué de porter le nom de Genève, bien après que plus personne n'espérait y revenir. Il faudra attendre le XIXe siècle et la réorganisation des circonscriptions religieuses pour qu'il prenne officiellement le nom d'Annecy. Un titre épiscopal peut survivre trois cents ans à la ville qui lui a donné son nom.
